Enligt vattendirektivet (2000/60/EEG) ska register över skyddade områden upprättas. Därför registreras de områdesskydd som påverkar vattenförekomsten. Ett skyddat område är ett geografiskt definierat område som är långsiktigt utpekat, reglerat och förvaltat för att uppnå specifika syften och bevarandemål.

I vattendirektivets bilaga IV anges vilka skyddade yt- respektive grundvattenförekomster som skall ingå i registret. Förutom de förordningar och föreskrifter som nämns under respektive områdesskydd är dessa EU-direktiv införlivade i den svenska lagstiftningen i miljöbalkens andra avdelning i kapitel 7, områdesskydd, och i kapitel 8, särskilda bestämmelser om skydd för djur- och växtarter.

Grundvatten och skyddade områden

Relationen mellan grundvatten och skyddade områden på ytan kan vara komplicerad. I en karta kan grundvattnets geografiska utbredning överlappa utbredningen av skyddade områden på ytan, men de skyddade områdena saknas i registret över skyddade områden för den specifika grundvattenförekomsten. Orsaken till detta är att de exkluderade skyddade områdena inte anses påverka den aktuella grundvattenförekomsten status, även om de överlappar geografiskt. Exempel är Natura 2000-områden vars syfte är att skydda arter eller naturtyper på ytan, men som inte har någon anslutning till grundvattnet.

Ibland finns dock en anslutning mellan grundvattnet och vissa naturtyper på ytan (t.ex. rikkärr) som är beroende av utflöde av grundvatten eller en särskild grundvattennivå. I dessa fall är det skyddade området på ytan påverkat av grundvattnet, men grundvattnet är inte påverkat av det skyddade området på ytan. Det skyddade området anses då inte ha en påverkan på grundvattnets status och ska inte finnas med i grundvattnets register över skyddade områden. Eftersom grundvattnet påverkar det skyddade området på ytan är det dock i andra sammanhang relevant att istället visa att påverkan på grundvattenförekomsten indirekt kan påverka det skyddade område på ytan. Dessa områden och de påverkade naturtyperna finns därför inlagda som terrestra grundvattenberoende ekosystem på grundvattenförekomsten. Du kan läsa mer om terrestra grundvattenberoende ekosystem på sidan Terrestra grundvattenberoende ekosystem.

Områdesskydd för vatten

De områdesskydd som ska registreras enligt vattendirektivet är:

• Art- och habitatdirektivet (92/43/EEG)
• Avloppsvattenkänsliga områden (Avloppsdirektivet 91/271/EEG)
• Badplatser (Badvattendirektivet 2006/7/EG)
• Dricksvattenförekomster – grundvatten och ytvatten (2000/60/EG artikel 7)
• Fågeldirektivet (79/409/EEG)
• Nitratkänsliga områden (Nitratdirektivet 91/676/EEG)
• Musselvattenområden 
• Fiskvattenområden 

Naturvårdsverket har ett kartverktyg med en sammanställning av flera sorters områdesskydd.