Eftersom syftet med vattenförvaltningen är att biologin ska må bra väger biologiska kvalitetsfaktorer tyngst och ska statusklassificeras först.
Beroende på vattentyp är det olika kvalitetsfaktorer som ingår i bedömningen. Se markering med kryss i tabellen. För varje kvalitetsfaktor i en viss vattenförekomst ingår särskilda parametrar eller index att gå efter. Om påverkansanalysen påvisat en typ av påverkan ska den kvalitetsfaktor som är känsligast för just denna typ av påverkan användas.
| Kvalitetsfaktorer | Sjöar | Vattendrag | Kustvatten |
| Bottenfauna | x | x | x |
| Makroalger | x | ||
| Makrofyter | x | ||
| Kiselalger | x | x | |
| Växtplankton | x | x | |
| Fisk | x | x |
Mer information
Havs- och vattenmyndigheten: Klassificering och miljökvalitetsnormer avseende ytvatten (HVMFS 2019:25)
Havs- och vattenmyndigheten: Statusklassning av ytvatten