Förutsättningarna för liv inte är desamma i en fjällsjö som i en skånsk slättsjö. För att typindelningen ska ta hänsyn till naturgeografi och klimat så delas Sverige in i fyra regioner.
Först delas Sverige in i en nordlig och en sydlig del längs avrinningsområdesgränser omkring 60 grader nordlig breddgrad. Sedan delas norra Sverige in i tre regioner efter höjd över havet. Första indelningen sker vid 200 meter över havet eftersom vatten under denna höjd ligger under högsta kustlinjen. På liknande sätt finns en gräns vid 800 meter över havet i norra Sverige eftersom vatten ovan denna höjd ligger på fjället, ovan trädgränsen. Detta resulterar i fyra regioner (siffror inom parantes används för kodbeteckningen):
- Södra Sverige (1), där ca 60 grader nord är gränsen i norr förutom i öster där Dalälvens avrinningsområdes södra vattendelare markerar gränsen.
- Norra Sverige under 200 meter över havet (2),
- Norra Sverige 200-800 meter över havet (3),
- Norra Sverige mer än 800 meter över havet (4).
Den nuvarande regionsindelningen skiljer sig från den som använts i tidigare vattenförvaltningsperioder, då Sverige indelades i sju ekoregioner. Nuvarande typologi infördes i december 2017.
