Vattenfärgen är viktig för alla växter i vattnet eftersom den styr hur djupt ljus tränger ned i vattnet. Vattenfärgen påverkar också temperaturklimatet. Humusämnen, som är en vanlig orsak till brunfärgning av naturvatten, påverkar även vattnets pH. Höga halter av humusämnen i vattnet är en viktig orsak till att sjövatten blir brunfärgat men även höga järn- och manganhalter kan ge brunfärgat vatten. Vattenfärgen bestäms av avrinningsområdets markanvändning, jordarter och mark-kemi men också av vattnets omsättningstid i sjön.
Vattnets färg kan antingen mätas med en sk. färgkomparator och mätresultatet redovisas då i enheten milligram platina per liter. Denna metod används numera sällan, och det rekommenderas att istället använda vattnets absorbans vid 420 nm som mätmetod. Absorbansvärden för vattenfärg kan på ett ungefär räknas om till milligram platina genom att absorbansen vid 420 nm med 5 cm kyvett multipliceras med 500.
Sjöar delas in i två grupper utifrån vattenfärg (bokstäver inom parantes används för kodbeteckningen):
- klara sjöar med humushalt mindre än eller lika med 30 milligram platina per liter, vilket motsvarar en absorbans vid 420 nanometer ≤ 0,06 (K)
- bruna sjöar med humushalt över 30 milligram platina per liter, motsvarande en absorbans vid 420 nanometer > 0,06 (B).
Fram till att nuvarande version av typologi infördes (december 2017) drogs gränsen mellan klara och bruna sjöar vid 50 milligram platina.